На попередніх Загальних установчих зборах Біоенергетичної асоціації України, що відбулись 25 вересня 2012 року, було обрано членів Правління Асоціації, що будуть  офіційно затверджені після державної реєстрації в січні 2013 року.

Загальні Збори Асоціації  — це вищий орган управління, що складається з Членів Асоціації та приймає рішення щодо її діяльності. Серед питань для вирішення Загальними Зборами: затвердження Статуту та змін до нього, вибори Правління, визначення основних напрямів діяльності, затвердження бюджету та звіту (за поданням Правління), реорганізація та припинення діяльності тощо. Загальні збори відбуваються один раз на рік.

Правління — головний орган управління, є основним виконавчим органом в структурі Асоціації та забезпечує виконання рішень прийнятих Загальними Зборами. Правління представляє інтереси Асоціації у міжнародних організаціях, в органах державної влади, а також у відносинах з українськими та іноземними юридичними особами. Правління приймає рішення щодо обрання Голови Правління, прийняття нових Членів до Асоціації та затверджує експертів Експертної Ради. Члени Правління обираються Загальними Зборами у кількості 5  терміном на 3 роки необмежену кількість разів. Засідання Правління відбувається не рідше одного разу на квартал. Правління може проводити засідання в заочній формі (електронна пошта, телеконференції тощо).

Спостережна Рада — головний орган контролю виконання рішень прийнятих Загальними Зборами. Члени Спостережної Ради запрошуються на всі засідання Правління і від імені Загальних Зборів асоціації контролюють основні управлінські рішення, що приймає Правління, на їх відповідність статутним цілям і задачам Асоціації та рішенням, що прийняті Загальними Зборами. Члени Спостережної Ради обираються Загальними Зборами у кількості 3  терміном на 3 роки необмежену кількість разів.

Експертна Рада — сформована для того, щоб надати Членам Асоціації можливість отримати надійну експертну оцінку в різноманітних секторах, напрацьовувати аналітичні матеріали, пропозиції до законів, програм, стратегій з розвитку біоенергетики. Структура Експертної Ради включає по одному ключовому експерту в кожному секторі, а також експертні комісії з кожного напрямку, які складаються з представників членів Асоціації та координуються ключовими експертами відповідного напрямку. Експерти Ради затверджуються рішенням Правління

Ревізійна Комісія — орган управління Асоціацією, завданням якого є здійснення фінансового контролю діяльності організації. Члени Ревізійної Комісії обираються Загальними Зборами у кількості 3  терміном на 3 роки необмежену кількість разів.