Біоенергетична асоціація України працює на принципах відкритості, рівності та колегіальності прийняття рішень.
Вищими колегіальними керівними органами UABIO є Загальні Збори членів асоціації та Правління. Головою Правління асоціації у 2020 р. був обраний Георгій Гелетуха. До складу Правління та Експертної ради БАУ входять провідні вітчизняні та закордонні фахівці.